目前大部分水稻主栽品种总体对穗颈瘟的抗性不佳，一旦气候条件适宜，尤其是破口扬花期遇到持续低温阴雨天气，有大流行的潜在威胁。气温20～30℃，连续阴雨，田间湿度大，稻株表面长时间有水膜，平均相对湿度在90%以上，稻瘟病往往大发生。穗颈瘟重在破口期用药防治，发病后再用药效果很差。水稻破口期遇持续阴雨天气，应抓住雨停间隙施药防治穗颈瘟，不要错过防治适期。三环唑和稻瘟灵等药喷施后水稻叶片吸收快，施药2小时后遇雨基本不影响防效，可以趁雨隙施药。 
　　
　　穗颈瘟危害对水稻产量影响大，是主要防治对象，对生长嫩绿、感病的品种，应分别在破口期和齐穗期各喷药防治一次。遇雨宜抢在雨前喷药，保证防治效果。防治穗颈瘟，可以选用三环唑、稻瘟灵、春雷霉素、咪鲜胺、异稻瘟净等药。稻瘟病病菌对三环唑没有抗性，但该药只有预防作用，发病后用药无治疗效果，但在发病初期可以使用，保护未染病株。稻瘟灵、异稻瘟净等药有预防和治疗作用，发病后可以使用，但稻瘟病病菌容易对稻瘟灵等药产生抗性，注意与其他药配合使用。